Unter ungünstigen Umständen können die verwendeten Index-Dateien beschädigt werden. Dies kann beispielsweise bei Stromausfall während Tabellen-Operationen bzw. vorzeitigem Abbruch einer Aktion mittels Reset. Seit längerer Zeit gibt es eine versteckte Funktion in WINQSL-PRO. Betätigen Sie die Tastenkombination ALT+STRG+R, es erscheint das Reindex-Fenster. Wenn Sie den REORGANIZE-Knopf betätigen, werden alle Index-Dateien physikalisch gelöscht und vollständig neu generiert. Dieser Vorgang dauert mehrere Minuten und darf nicht unterbrochen werden. Nach Beendigung verschwindet das Reorganisationsfenster automatisch.